Programme


24 Octobre 2018

10h - 10h30 Accueil

Session 1 : 10 h 30 - 12h30

Présidente : Sorina Pop

10h 30 - 10h45 : Ouverture

Hervé Gilquin, ENS de Lyon, Geneviève Romier, CNRS

10h 45 - 11 h : Allocution de bienvenue du Vice-Président Recherche de l'ENS de Lyon

11h - 11h25 : HPDA@TheEdge ou pourquoi garder la tête hors les nuages !

Emmanuel Quemener, Centre Blaise Pascal , École Normale Supérieure - Lyon

11h25 - 11h50 :  SILECS: Super Infrastructure for Large-scale Experimental Computer Science

Christian Perez, Inria

11h50 - 12h 05 : Retour d'expérience sur l'utilisation d'Easybuild pour les clusters de Calcul de la Fédération Lyonnaise de Modélisation et Sciences Numériques

Christophe Pera, Laurent Pouilloux, Dan Calugaru, Geoffroy Berret, Anne Cadiou, Coraline Petit, Loïs Taulelle

Fédération Lyonnaise de Modélisation et Sciences Numérique

12h 05 - 12h30 : WRENCH: Workflow Management System Simulation Workbench

Frederic Suter1, Henri Casanova2, Rafael Ferreira Da Silva3

1 : Centre de Calcul de l'IN2P3, CNRS
2 : University of Hawaii - Manoa
3 : University of Southern California

12h 30 - 14 h Cocktail déjeuner - Posters

Session 2 : 14 h  - 15 h 30

Président : Christian Perez

14 h 14h25 : GENCI

Philippe Lavocat, GENCI

14h25 - 14 h 50 : The INRIA Project LAB HPC-BigData: Addressing the HPC/Big-Data/IA Convergence  pdf   pptx

Bruno Raffin, Inria

14h50 - 15 h 15 : Simulation numérique massivement parallèle de l'hydrodynamique et des transferts d'un réacteur à lit fluidisé gaz-particule réactif polydisperse à l'échelle industrielle (>1 000 000 000 mailles)

Les vidéos présentées peuvent être visualisées sur le site de CALMIP : https://www.calmip.univ-toulouse.fr/spip.php?article646

Herve Neau1, Pascal FEDE2, Renaud ANSART3, Olivier SIMONIN3, Renon Nicolas4, Pierrette Barbaresco4, Cyril BAUDRY5, Nicolas MERIGOUX5

1 : Université de Toulouse / IMFT / CNRS / Toulouse INP / UPS, CNRS : UMR5502
2 : Université de Toulouse / IMFT / CNRS / Toulouse INP / UPS, Université Paul Sabatier-Toulouse III
3 : Université de Toulouse / IMFT / CNRS / Toulouse INP / UPS, Institut National Polytechnique de Toulouse
4 : UMS 3667 CALMIP - Université de Toulouse, INPT, Université Paul Sabatier, INSAT, ISAE-SUPAERO et CNRS
5 : EDF, EDF Recherche et Développement

15h15 - 15 h 30 : Suivi Lagrangien de gouttelettes et de leur évaporation dans un écoulement turbulent : de l'observation à la statistique.

Loïc Méès1, Mathalie Grosjean1, Jean-Louis Marié1, Anne Cadiou12, Laurent Pouilloux12

1 : Laboratoire de Mecanique des Fluides et d'Acoustique, CNRS, Université Claude Bernard - Lyon I, Ecole Centrale de Lyon, INSA - Lyon
2 : Fédération Lyonnaise de Modélisation et Sciences Numérique, Université Claude Bernard - Lyon I

15h30 - 16h Pause  - Posters

Session 3 : 16h - 18h

Président : Gilles Mathieu

16 h - 16h25 : EGI

Yannick Legré, egi.eu

16h25 - 16h40 : La Fédération EGI : Opérations, AAI et Cloud

Baptiste Grenier, egi.eu

16h40 - 17h10 : Démonstration : EGI Notebooks : Jupyter as a Service and EGI Check-In AAI

Baptiste Grenier, egi.eu

17h10 17h35 : Au-delà des conteneurs : environnements logiciels reproductibles avec GNU Guix

Ludovic Courtès, Inria Bordeaux - Sud-Ouest

17h35 - 18h : romeoLAB, le portail web HPC : cas d'utilisation pour la pédagogie et les logiciels à la demande.

Arnaud RENARD, Centre de Recherche en Sciences et Technologies de l'Information et de la Communication, Université de Reims Champagne-Ardenne

18h - 20h Cocktail

 

25 Octobre 2018

Session 1 : 9 h  - 10h30 

Président : Arnaud Renard

9h - 9h25 : Reconstruction 3D de tissus biologiques par la lumière : Application à la détection de tumeurs cancéreuses

Sylvain Contassot-Vivier1, Fatmir Asllanaj2, Ahmad Addoum2

1 : Laboratoire Lorrain de Recherche en Informatique et ses Applications, Université de Lorraine, CNRS
2 : Laboratoire d'Énergétique et de Mécanique Théorique Appliquée, Université de Lorraine, CNRS

9h25 - 9 h 40 : The rose genome: agile data analysis provides new insights into the history of modern roses

Jérémy Just, Laboratoire Reproduction et développement des plantes, CNRS, Institut national de la recherche agronomique, Université Claude Bernard - Lyon I, École Normale Supérieure - Lyon

9 h 40 - 10h 05 : La numérisation de l'Univers avec LSST

Fabio Hernandez, Centre de Calcul de l'IN2P3, CNRS

10h05 - 10h30 : Calcul intensif et traitement de grands volumes de données, la vision du CNRS

Denis Veynante, CNRS

10h30 - 11h Pause  - Posters

Session 2 : 11h - 12 h 30

Président : Bernard Dussoubs

11 h - 11h 25 : Le Square Kilometer Array (SKA): un radiotélescope Exascale

Day #2 SKA 23 Novembre 2018

Chiara Ferrari, OCA/Maison SKA-France

11 h 25 -12h30 : Table ronde : Quel(s) outil(s) pour classer les Machines ?

animation : Nicolas Renon

participants : Michel Kern  (Inria - Maison de la Simulation), Jérôme Pansanel (IPHC) , Arnaud Renard (Mésocentre ROMEO) , Frédéric Suter (IN2P3) et deux intervenants industriels, Gunter Roth, Nvidia et Damien Déclat, Responsable des Opérations Business HPC, AI & Quantum, ATOS Bull

Le Top500 (HPL Linpack) s'est imposé depuis 25 ans comme le classement de référence, au moins en ce qui concerne les machines HPC. On peut discuter de son adéquation vis-à-vis de la charge réelle des machines, et de la pertinence des alternatives proposées (Green500, Graph500, HPCG, etc ...).

L'objectif de la table ronde est de poser un regard critique et constructif autour de ces outils de mesure (élargi au-delà du HPC) :
- qu'est-ce que ces outils nous permettent de dire réellement sur la performance d'une machine : flop/s, consommation kw, performance applicative du point de vue de l'utilisateur= temps de restitution
- qu'est-ce que ces outils nous permettent de dire sur la performance de telle machine par rapport à telle autre ?
- sont-ils utilisés ou non, ou partiellement, dans les spécifications pour l'acquisition de machines ?
- est-ce que l'adhérence des machines à ces critères conduisent à des machines utiles ?
- autres ...

12h 30 - 14 h Cocktail déjeuner - Posters

Session 3 : 14 h  - 15 h 30

Président : Jérôme Pansanel

14 h 14h 25 : Présentation du Ministère

Marie-Christine Plançon, chef de projet "modernisation des infrastructures et des services numériques" au Ministère de lʼEnseignement supérieur, de la Recherche et de lʼInnovation

14h25 - 14 h 50 : Utilisation des ressources CIMENT dans le cadre du projet epimed: les besoins spécifiques de la bioinformatique pour l'analyse des données d'exome.

Quentin Testard 12, Julien Thevenon13, Jean-François Taly 2, Laure Raymond 2, Florent Chuffart1

1 : Institute for Advanced Biosciences / Institut pour l'Avancée des Biosciences (Grenoble), CNRS, Université Grenoble Alpes
2 : Eurofins-Biomnis, BU Séquençage, Eurofins-Biomnis, Lyon
3 : Centre Hospitalier Universitaire Grenoble, Service génétique clinique

14h50 - 15 h 15  : IN2P3: Réflexion sur OpenScience

Volker Beckmann, IN2P3, CNRS

15h15 - 15h 45 Pause  - Posters

Session 4 : 15h 45 - 17h 35

Présidente : Catherine Biscarat

15 h 45 16h15 : Démonstration : Contrôler et vérifier son placement

Emmanuel Courcelle, Mésocentre de calcul CALMIP

16h30 - 16h55 : Evaluation des stratégies de réplication des fichiers dans de gros systèmes distribués hétérogènes à travers la simulation réaliste

Anchen CHAI1, Sorina POP2, Tristan Glatard3, Hugues Benoit-Cattin2, Frederic Suter1

1 : Centre de Calcul de l'IN2P3, CNRS
2 : Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de lÍmage pour la Santé, Université Claude Bernard Lyon 1, INSA de Lyon, Université Jean Monnet, INSERM, CNRS
3 : Concordia University, Quebec, Canada

16 h 55 17h25 : La plateforme SCIGNE : présentation et utilisation du service de Cloud Computing

Jérôme Pansanel, Institut Pluridisciplinaire Hubert Curien, CNRS

17h25 - 17h40 : Utilisation du Cloud OpenStack pour accélérer la recherche biomédicale

Manon SOURDEIX1, Vincent Legoll2, Richard Bonnet3

1 : Plateforme de Génétique Moléculaire, CHU Clermont-Ferrand
2 : Institut Pluridisciplinaire Hubert Curien, CNRS
3 : M2iSH, INRA,Laboratory of Bacteriology, CHU Clermont-Ferrand, CNR "Résistance aux antibiotiques",
Santé publique France

26 Octobre 2018

Session 1 : 9 h  - 10h30

Président : Nicolas Renon

9h - 9h25 : Régionalisation dynamique fine résolution du climat de l'Europe de l'ouest

Thierry Castel1, Antoine Migeon2, Didier Rebeix2, Julien Pergaud1

1 : Biogéosciences CNRS, Université de Bourgogne-Franche-Comté
2 : CCUB Bourgogne-Franche-Comté, Université de Bourgogne-Franche-Comté

9h25 - 9h40 : Impact des fines échelles spatiales sur la dynamique océanique en Méditerranée

Claude Estournel1, Patrick Marsaleix1, Cyril Nguyen1, Nicolas Renon2, Pierrette Barbaresco2

1 : Laboratoire d'Aérologie, Université Paul Sabatier - Toulouse 3, INSU, Observatoire Midi-Pyrénées, CNRS
2 : UMS 3667 CALMIP - Université de Toulouse, INPT, Université Paul Sabatier, INSAT, ISAE-SUPAERO et CNRS

9h40 - 10 h 05 : Utilisation de la compression low-rank pour réduire la complexité du solveur PaStiX

Grégoire Pichon, Mathieu Faverge (orateur), Pierre Ramet, Jean Roman, HiePACS, CNRS, Université de Bordeaux, Inria, Institut Polytechnique de Bordeaux

10 h 05 - 10 h 30 : Exploiting GPUs for medical imaging applications with VIP and Dirac

Sorina POP1, Carole Lartizien1, Pascal Wassong1, Axel Bonnet1, Thomas Grenier1, Vanessa Hamar2, Fabio Hernandez2, Luisa Arrabito3, Johan Bregeon3, Pierre Gay4, Andrei Tsaregorodtsev5

1 : Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de lÍmage pour la Santé, Université Claude Bernard Lyon 1, INSA de Lyon, Université Jean Monnet [Saint-Etienne], INSERM, CNRS
2 : Centre de Calcul de lÍN2P3, CNRS
3 : Laboratoire Univers et Particules de Montpellier, IN2P3, CNRS
4 : MCIA, Université Bordeaux 1
5 : Centre de Physique des Particules de Marseille, CNRS

10h30 - 11h Pause  - Posters

Session 2 : 11h - 12 h 30

Présidente : Marie-Sophie Cabot

11 h - 11h 25 : Projet DOMA : Réflexions et axes de recherche pour les services de stockage de données scientifiques à l'horizon 2025.

Eric Fede, Centre de Calcul de l'IN2P3, CNRS

11 h 25 - 11h50 : Perspectives & Évolutions du Mésocentre de l'Université Savoie Mont Blanc après dix ans d'existence

Frédérique Chollet1 Cécile Barbier1, Sylvain Garrigues1, Mathieu Gauthier-Lafaye 2, Muriel Gougerot1, Stéphane Jézéquel1, Nadine Neyroud1, Philippe Séraphin1

1 LAPP, Université Grenoble Alpes, Université Savoie Mont Blanc, CNRS/IN2P3
2 LAPTh, CNRS, Université Savoie Mont Blanc

11 h 50 - 12 h 15 : Les outils de traitement de données massives au service du métabarcoding

Alain Franc 1, J.M. Frigerio 1, P. Chaumeil 1 , F. Salin 1,  F. Rué 2 , V. Louvet 3 , O. Coulaud 4

1 INRA & Univ Bordeaux, UMR BioGeCo, Cestas, et Inria BSO, équipe Pleiade
2 Inria BSO, SED & PlaFRIM
3 CNRS, GRICAD
4 Inria BSO, équipe Hiepacs

12 h 15 - 12h30 : Capture “numérique” des contacts chromosomiques chez la mouche du vinaigre

Pascal Carrivain,  Laboratoire de Physique de l'ENS de Lyon

12h 30 - 14 h Cocktail déjeuner - Posters

Session 3 : 14 h  - 16 h

Président : Michel Kern

14 h 14h 25 : OpenDose: un effort collaboratif pour produire des données dosimétriques de référence en médecine nucléaire.

Gilles Mathieu1, Manuel Bardiès2, Maxime Chauvin2, Axel Bonnet3, Camarasu-Pop Sorina3, Isabelle Perseil1

1 : Département du Système d'Information de l'INSERM
2 : Inserm, UMR1037 CRCT, Université Paul Sabatier - Toulouse III
3 : Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de lÍmage pour la Santé, Université Claude Bernard Lyon 1, INSA de Lyon, Université Jean Monnet [Saint-Etienne], INSERM, CNRS

14h25 - 14 h 50 : Lavoisier : un framework d'agrégation de données

Cyril L'Orphelin, Sylvain Reynaud, CNRS, Centre de Calcul de l'IN2P3

14h50 - 15 h 15 : Jupyter, Dask : traitement distribué simple et interactif en Python sur HPC avec l'écosystème Pangeo

Guillaume Eynard-Bontemps, Centre National d'Etudes Spatiales

15h15 - 15 h 45 : Démonstration : Cluster As A Service : Débordement d'un cluster de Raspberry dans le cloud    La démonstration ne pourra pas avoir lieu suite à un empêchement des orateurs

Cedric Gageat, Sethy Montan, Salli Moustafa, Louis Stuber, Gilles Tourpe, Wilfried Kirschenmann, Advanced Computing Team

15h45 - 16h Conclusion - clôture

Michel Kern, Inria - Maison de la Simulation

Liste des posters :

A paradigm shift upon our eyes. The Cloud: new world of simulation.

Cedric Gageat, Sethy Montan, Salli Moustafa, Louis Stuber, Gilles Tourpe, Wilfried Kirschenmann, Advanced Computing Team

HPC-as-a-Service made easy by BULL Extreme Factory Computing Portal and Remote Visualizer.

Richard Randriatoamanana1, Hugues Digonnet2, Pierre-Emmanuel GUERIN1,

1 : Institut de Calcul Intensif, École Centrale de Nantes
2 : École Centrale de Nantes

Qu'est-ce que le PSMN de l'ENS de Lyon ?

Coraline Petit, Cerasela Iliana Calugaru, Micaël Calvas et Loïs Taulelle, Pôle Scientifique de Modélisation Numérique, École Normale Supérieure de Lyon

Le Centre Blaise Pascal : de l'hôtel à projets au centre d’essais.

Emmanuel Quemener et Micaël Calvas

Centre Blaise Pascal, École Normale Supérieure de Lyon

Mésocentre CALMIP

Mickaël Duval, Nadine Marouzé

UMS 3667 CALMIP - Université de Toulouse, INPT, Université Paul Sabatier, INSAT, ISAE-SUPAERO et CNRS

DIRAC Interware for scientific applications

Luisa Arrabito1, Johan Bregeon1, Sorina Camarasu-Pop2, Pierre Gay3, Vanessa Hamar4, Fabio Hernandez4, Andrei Tsaregorodtsev5

1 : Laboratoire Univers et Particules de Montpellier, IN2P3, CNRS
2 : Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de lÍmage pour la Santé, Université Claude Bernard Lyon 1, INSA de Lyon, Université Jean Monnet, INSERM, CNRS
3 : MCIA, Université Bordeaux 1
4 : Centre de Calcul de l'IN2P3, CNRS
5 : Centre de Physique des Particules de Marseille, CNRS

Virtual Imaging Platform

Sorina Camarasu-Pop1, Axel Bonnet1, Frédéric Cervenansky1, Tristan Glatard2

1 : Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de lÍmage pour la Santé, Université Claude Bernard Lyon 1, INSA de Lyon, Université Jean Monnet, INSERM, CNRS
2 : Concordia University, Quebec, Canada

FG-Cloud: the French Academic Cloud for Scientific computing

Groupe FG-Cloud

ComputeOps: container for High Performance Computing

Cécile Cavet1, Aurélien Bailly-Reyre5,David Chamont3, Olivier Dadoun5, Pascale Hennion4, Oleg Lodygensky3, Gérard Marchal-Duval3, Emmanuel Medernach2, Victor Mendoza5, Jérôme Pansanel2,Andrea Sartirana4, Martin Souchal1, Julien Tugler4

1 : FACe, 2 : IPHC, 3 : LAL, 4 : LLR 5 : LPNHE

Simulation basée images : Des moyens de calculs aux moyens de restitution

Joël Randrianandrasana1 Laurent Lucas1 Arnaud Chanonier2 Michaël Krajecki1

1 Université de Reims Champagne-Ardenne/CReSTIC
2 PSA Peugeot Citroën

Astrophysics Simulations on multi-GPU: FleCSPHg

Julien Loiseau, François Alin, Christophe Jaillet, Arnaud Renard, Michaël Krajecki

University of Reims Champagne-Ardenne, CReSTIC Laboratory EA3804

Equip@meso - Une infrastructure vitale pour de nombreux progrès scientifiques

Elise Quentel, GENCI

Action Perfsonar des mésocentres Equip@meso

Equip@meso - Genci - Criann (Alain Bidaud) - Renater (Laurent Philippe, Patrick Sigonneau)

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